De #8 Toyota stond na de eerste runs nog bovenaan, dankzij een 1.23.203 van Alonso tegenover een 1.23.437 van Lopez. Alonso’s wagengenoot Buemi kwam in de tweede runs niet verder dan een 1.24.094, nadat hij zijn 1.23.900 moest inleveren wegens het overschrijden van de track limits. Alonso en Buemi kwamen daardoor uit op een gemiddelde van 1.23.648. De #7 Toyota eindigde op een moyenne van 1.23.557, na een 1.23.678 van Kobayashi in de tweede runs.

De twee Rebellions delen de tweede startrij. De #1 Rebellion van Neel Jani, André Lotterer en Bruno Senna kwalificeerde zich op 0,802 seconde van de #7 Toyota als derde, de #3 Rebellion van Mathias Beche, Thomas Laurent en Gustavo Menezes sloot op 0,976 seconde van de polesitter aan op P4. De twee wagens van SMP Racing bezetten de derde startrij, de #4 ByKolles en de #10 DragonSpeed (zonder Renger van der Zande, hij heeft verplichtingen in de Verenigde Staten) completeerden op respectievelijk P7 en P8 de LMP1-uitslag.

In de LMP2 ging de pole-position naar de #31 DragonSpeed van Roberto Gonzalez, Pastor Maldonado en Anthony Davidson met een gemiddelde van 1.28.906. De #38 Jackie Chan DC Racing van onder meer Ho-Pin Tung werd derde (elfde algemeen). Racing Team Nederland klokte de zesde tijd (veertiende algemeen). De #29 Dallara P217 van Frits van Eerd, Giedo van der Garde en Nyck de Vries bleef met een gemiddelde van 1.31.440 alleen de #50 Larbre Competition voor.

WEC 2018 Fuji, uitslag tweede kwalificatie:

Pos	#	Coureurs	Auto	Klasse	Tijd	+
1	7	Kamui Kobayashi   Mike Conway   Jose Maria Lopez	Toyota TS050 Hybrid	LMP1	1'23.557
2	8	Fernando Alonso   Kazuki Nakajima   Sébastien Buemi	Toyota TS050 Hybrid	LMP1	1'23.648	0.091
3	1	Andre Lotterer   Bruno Senna   Neel Jani	Rebellion R13	LMP1	1'24.359	0.802
4	3	Mathias Beche   Thomas Laurent   Gustavo Menezes	Rebellion R13	LMP1	1'24.533	0.976
5	17	Stéphane Sarrazin   Matevos Isaakyan   Egor Orudzhev	BR Engineering BR1	LMP1	1'24.744	1.187
6	11	Jenson Button   Vitaly Petrov   Mikhail Aleshin	BR Engineering BR1	LMP1	1'25.146	1.589
7	4	Oliver Webb   Tom Dillmann   James Rossiter	ENSO CLM P1/01	LMP1	1'26.579	3.022
8	10	Ben Hanley   James Allen	BR Engineering BR1	LMP1	1'26.713	3.156
9	31	Anthony Davidson   Pastor Maldonado   Roberto Gonzalez	Oreca 07	LMP2	1'28.906	5.349
10	37	Nabil Jeffri   Weiron Tan   Jazeman Jaafar	Oreca 07	LMP2	1'29.203	5.646
11	38	Ho-Pin Tung   Stéphane Richelmi   Gabriel Aubry	Oreca 07	LMP2	1'29.294	5.737
12	36	Nicolas Lapierre   Pierre Thiriet   André Negrao	Alpine A470	LMP2	1'29.432	5.875
13	28	Jean-Eric Vergne   François Perrodo   Matthieu Vaxivière	Oreca 07	LMP2	1'30.795	7.238
14	29	Giedo van der Garde   Nyck de Vries   Frits van Eerd	Dallara P217	LMP2	1'31.440	7.883
15	50	Romano Ricci   Erwin Creed  Keiko lhara	Ligier JSP 217	LMP2	1'32.677	9.120

De pole-position in de LMGTE Pro-klasse was voor de #95 Aston Martin van Marco Sørensen en Nicki Thiim met een gemiddelde van 1.36.093. In de LMGTE Am-klasse noteerde de #88 Porsche van Satoshi Hoshino, Giorgio Roda en Matteo Cairoli de snelste tijd met een 1.38.336.

WEC 2018 Fuji, uitslag eerste kwalificatie:​

Pos	#	Coureurs	Auto	Klasse	Tijd	+
1	95	Nicki Thiim   Marco Sorensen	Aston Martin Vantage AMR	LMGTE PRO	1'36.093
2	82	Antonio Felix da Costa   Tom Blomqvist	BMW M8 GTE	LMGTE PRO	1'36.275	0.182
3	97	Maxime Martin   Alex Lynn	Aston Martin Vantage AMR	LMGTE PRO	1'36.362	0.269
4	67	Harry Tincknell   Andy Priaulx	Ford GT	LMGTE PRO	1'36.453	0.360
5	71	Sam Bird   Davide Rigon	Ferrari 488 GTE EVO	LMGTE PRO	1'36.542	0.449
6	51	James Calado   Alessandro Pier Guidi	Ferrari 488 GTE EVO	LMGTE PRO	1'36.544	0.451
7	81	Nick Catsburg   Martin Tomczyk	BMW M8 GTE	LMGTE PRO	1'36.737	0.644
8	91	Gianmaria Bruni   Richard Lietz	Porsche 911 RSR	LMGTE PRO	1'36.776	0.683
9	66	Stefan Mücke   Olivier Pla	Ford GT	LMGTE PRO	1'36.967	0.874
10	92	Michael Christensen   Kevin Estre	Porsche 911 RSR	LMGTE PRO	1'37.109	1.016
11	88	Matteo Cairoli   Giorgio Roda  Satoshi Hoshino	Porsche 911 RSR	LMGTE AM	1'38.336	2.243
12	98	Pedro Lamy   Paul Dalla Lana   Mathias Lauda	Aston Martin Vantage	LMGTE AM	1'38.400	2.307
13	77	Christian Ried   Matt Campbell  Julien Andlauer	Porsche 911 RSR	LMGTE AM	1'38.524	2.431
14	56	Jörg Bergmeister   Patrick Lindsey   Egidio Perfetti	Porsche 911 RSR	LMGTE AM	1'38.578	2.485
15	90	Jonathan Adam   Salih Yoluc   Charlie Eastwood	Aston Martin Vantage	LMGTE AM	1'38.598	2.505
16	61	Matt Griffin   Mok Weng Sun   Keita Sawa	Ferrari 488 GTE	LMGTE AM	1'39.330	3.237
17	86	Michael Wainwright   Ben Barker  Thomas Preining	Porsche 911 RSR	LMGTE AM	1'39.355	3.262
18	54	Giancarlo Fisichella   Francesco Castellacci   Thomas Flohr	Ferrari 488 GTE	LMGTE AM	1'39.371	3.278
19	70	Olivier Beretta   Eddie Cheever III   Motoaki Ishikawa	Ferrari 488 GTE	LMGTE AM	1'39.885	3.792