Net als in de eerste training werden de beste tijden vroeg in de sessie gereden. Wel zorgden de koelere omstandigheden ervoor dat de tijden een stuk sneller waren dan in VT1. De 1.42.313s waarmee Mike Conway in de eerste sessie de tabellen aanvoerde werd al snel verbeterd door Kazuki Nakajima, die de #8 Toyota in een 1.40.095s als snelste over het asfalt stuurde. José Maria Lopez was in de tweede TS 050 Hybrid bijna zes tienden langzamer maar dat was voldoende voor P2. De Japanse fabrikant gaat in Bahrein op jacht naar de derde opeenvolgende overwinning.

De snelste Porsche-rijder was Toro Rosso-coureur Brendon Hartley met een 1.40.773s in de #2, een tiende sneller dan merkgenoot Nick Tandy. In de LMP2 topte kampioenschapleider Rebellion Oreca #31 de tijdenlijsten. Bruno Senna dook met zijn 1.47.664s als enige onder de 1.48. Nelson Piquet Jr. zorgde voor een 1-2 voor Rebellion door zes tienden achter zijn landgenoot als tweede aan te tikken. Thomas Laurent in de #38 Jackie Chan DC Racing Oreca volgde als derde.

Aston Martin claimde de eerste twee stekken in de GTE Pro. Jonathan Adam noteerde een 1.57.014s en was daarmee vier tienden sneller dan Marco Sorensen in de #95. Ferrari volgde als derde en vierde, voor twee Ford GT’s en twee Porsches.

Pos.	#	Rijders	Auto	Klasse	Tijd	Verschil
1	8	Anthony Davidson   Kazuki Nakajima   Sébastien Buemi	Toyota TS050 Hybrid	LMP1	1'40.095
2	7	Kamui Kobayashi   Mike Conway   Jose Maria Lopez	Toyota TS050 Hybrid	LMP1	1'40.693	0.598
3	2	Timo Bernhard   Brendon Hartley   Earl Bamber	Porsche 919 Hybrid	LMP1	1'40.773	0.678
4	1	Andre Lotterer   Neel Jani   Nick Tandy	Porsche 919 Hybrid	LMP1	1'40.855	0.760
5	31	Bruno Senna   Julien Canal   Nicolas Prost	Oreca 07	LMP2	1'47.664	7.569
6	13	Nelson Piquet Jr.   David Heinemeier Hansson   Mathias Beche	Oreca 07	LMP2	1'48.238	8.143
7	38	Oliver Jarvis   Ho-Pin Tung   Thomas Laurent	Oreca 07	LMP2	1'49.022	8.927
8	36	Nicolas Lapierre   Andre Negrao   Gustavo Menezes	Alpine A470	LMP2	1'49.029	8.934
9	26	Loic Duval   Roman Rusinov   Leo Roussel	Oreca 07	LMP2	1'49.083	8.988
10	28	François Perrodo   Emmanuel Collard   Matthieu Vaxiviere	Oreca 07	LMP2	1'49.114	9.019
11	25	Vitaly Petrov   Simon Trummer   Roberto Gonzalez	Oreca 07	LMP2	1'49.747	9.652
12	37	David Cheng   Tristan Gommendy   Alex Brundle	Oreca 07	LMP2	1'49.778	9.683
13	24	Jean-Eric Vergne   Ben Hanley   Matt Rao	Oreca 07	LMP2	1'51.386	11.291
14	97	Darren Turner   Jonathan Adam	Aston Martin Vantage	LMGTE PRO	1'57.014	16.919
15	95	Marco Sorensen   Nicki Thiim	Aston Martin Vantage	LMGTE PRO	1'57.419	17.324
16	71	Sam Bird   Davide Rigon	Ferrari 488 GTE	LMGTE PRO	1'57.925	17.830
17	51	James Calado   Alessandro Pier Guidi	Ferrari 488 GTE	LMGTE PRO	1'58.356	18.261
18	67	Harry Tincknell   Andy Priaulx	Ford GT	LMGTE PRO	1'58.812	18.717
19	92	Michael Christensen   Kevin Estre	Porsche 911 RSR	LMGTE PRO	1'58.871	18.776
20	91	Richard Lietz   Frédéric Makowiecki	Porsche 911 RSR	LMGTE PRO	1'59.148	19.053
21	66	Stefan Mücke   Olivier Pla	Ford GT	LMGTE PRO	1'59.192	19.097
22	61	Matt Griffin   Mok Weng Sun   Keita Sawa	Ferrari 488 GTE	LMGTE AM	1'59.773	19.678
23	54	Francesco Castellacci   Miguel Molina   Thomas Flohr	Ferrari 488 GTE	LMGTE AM	2'00.205	20.110
24	98	Pedro Lamy   Paul Dalla Lana   Mathias Lauda	Aston Martin Vantage	LMGTE AM	2'00.525	20.430
25	86	Michael Wainwright   Ben Barker   Nick Foster	Porsche 911 RSR (991)	LMGTE AM	2'00.616	20.521
26	77	Christian Ried   Matteo Cairoli   Marvin Dienst	Porsche 911 RSR (991)	LMGTE AM	2'00.621	20.526