Marquez had in de openingstraining de tijdwaarneming laten stoppen bij 1.29.602. Hij wist die chrono gelijk in de tweede oefensessie (zonnig, 15 graden Celsius) bijna aan te tikken. De Honda-coureur vond in zijn derde omloop 1.29.810. Even later was de leider in de titelstrijd wel sneller en stond er 1.29.307 achter zijn naam.

Maar de concurrentie zat niet stil. Aleix Espargaro stuurde de Aprilia in zijn vijfde ronde naar 1.29.225 (polerecord: 1.27.899), mede geholpen door een sleepje van Andrea Dovizioso (Ducati) en Maverick Viñales (Yamaha). Na een kwartier kwam WK-tweede Dovizioso tot op 0.015 van titelrivaal Marquez. De winnaar van afgelopen zondag in Japan sloot zo aan als derde, voor Yamaha-fabrieksrijders Viñales en Valentino Rossi. 

Ondanks dat bijna iedereen de zachtste achterbanden liet monteren - Marquez als enige met een harde voorband - hield de vroege toptijd van Espargaro stand. Marquez, die Espargaro tot op 0.005 naderde, en Dovizioso wisten hun tweede en derde plek te behouden. Cal Crutchlow (Honda), de winnaar op Phillip Island vorig jaar, klom op het einde op naar de vierde plaats. De Brit was 0.007 langzamer dan Dovizioso. 

Viñales haalde een vijfde plek uit het vuur, na een crash in het midden van de sessie. De Spanjaard vloog er met een behoorlijke snelheid af in bocht 8. Hij bleef ongedeerd.

Tot grote vreugde van het publiek was Jack Miller (Honda) opnieuw behoorlijk competitief. De van een gebroken scheenbeen herstellende thuisrijder was 's ochtends derde en klokte vrijdagmiddag de zesde tijd, op twee tienden van Marquez.

Andrea Iannone (Suzuki) werd zevende, voor Dani Pedrosa (Honda) en Pol Espargaro (KTM). Jorge Lorenzo (Ducati) en Rossi haalden net niet de top-tien: Lorenzo werd elfde, Rossi twaalfde. Daartoe was ook Danilo Petrucci (Ducati), de derde man in Japan, niet in staat: P17.

Onderaan eindigden Alvaro Bautista (Ducati), Tito Rabat (Honda) en Jonas Folger's vervanger Broc Parkes (Yamaha). Beiden gingen een keer onderuit. Voor Bautista was het zijn tweede crash van de dag. Net als Viñales liepen zij geen blessures op.

Iedereen wist onder zijn beste tijd van de eerste training te komen. Daarmee is de uitslag van de tweede training tevens de gecombineerde tijdenlijst. 

	Rijder	Motor	Ronden	Tijd	Verschil
1	Aleix Espargaro	Aprilia	20	1'29.225
2	Marc Marquez	Honda	21	1'29.230	0.005
3	Andrea Dovizioso	Ducati	19	1'29.322	0.097
4	Cal Crutchlow	Honda	21	1'29.329	0.104
5	Maverick Viñales	Yamaha	20	1'29.423	0.198
6	Jack Miller	Honda	23	1'29.466	0.241
7	Andrea Iannone	Suzuki	20	1'29.604	0.379
8	Johann Zarco	Yamaha	17	1'29.667	0.442
9	Dani Pedrosa	Honda	22	1'29.702	0.477
10	Pol Espargaro	KTM	22	1'29.760	0.535
11	Jorge Lorenzo	Ducati	19	1'29.820	0.595
12	Valentino Rossi	Yamaha	23	1'29.977	0.752
13	Karel Abraham	Ducati	20	1'29.987	0.762
14	Bradley Smith	KTM	21	1'30.046	0.821
15	Alex Rins	Suzuki	23	1'30.085	0.860
16	Scott Redding	Ducati	20	1'30.140	0.915
17	Danilo Petrucci	Ducati	21	1'30.269	1.044
18	Loris Baz	Ducati	16	1'30.274	1.049
19	Tito Rabat	Honda	24	1'30.546	1.321
20	Sam Lowes	Aprilia	15	1'30.682	1.457
21	Hector Barbera	Ducati	17	1'30.777	1.552
22	Alvaro Bautista	Ducati	15	1'31.688	2.463
23	Broc Parkes	Yamaha	19	1'32.152	2.927