De kwalificatie voor de jonge honden was uitermate interessant, met diverse rijders die in de slotseconden verkeerd gokten en te laat de start-finish streep passeerden en daardoor geen vliegende ronde meer konden beginnen. Kornfeil was wel op tijd bij de streep en zette een sensationele laatste ronde neer, waarbij hij het hele veld op vier tienden reed.

John McPhee volgde met de tweede tijd, voor Marcos Ramirez en Philipp Ottl. Dat betekent dat de eerste vier posities worden ingenomen door jongelingen die menigeen daar niet had verwacht. Dat belooft ongetwijfeld een interessante race te worden, gezien de toppers in de middenmoot.

Fabio di Giannantonio was de eerste rijder uit de top van het WK-klassement met de vijfde stek, voor Aron Canet. Met Alonso Lopez staat op de zevende positie opnieuw een verrassing, gevolgd door Gabriel Rodrigo, de snelste man uit de derde training. Marco Bezzecchi, de nummer twee in het kampioenschap, heeft het al het gehele weekend lastig en kwam niet verder dan P15.

Uitslag kwalificatie Moto3 2018 Brno

Pos	#	Rijder	Motor	Ronden	Tijd	Verschil
1	84	Jakub Kornfeil	KTM	11	2'07.981
2	17	John McPhee	KTM	9	2'08.400	0.419
3	42	Marcos Ramírez	KTM	11	2'08.426	0.445
4	65	Philipp Ottl	KTM	11	2'08.445	0.464
5	21	Fabio Di Giannantonio	Honda	8	2'08.473	0.492
6	44	Aron Canet	Honda	8	2'08.556	0.575
7	72	Alonso Lopez	Honda	12	2'08.637	0.656
8	19	Gabriel Rodrigo	KTM	9	2'08.778	0.797
9	41	Nakarin Atiratphuvapat	Honda	13	2'08.885	0.904
10	23	Niccolò Antonelli	Honda	8	2'09.004	1.023
11	33	Enea Bastianini	Honda	8	2'09.078	1.097
12	5	Jaume Masia	KTM	9	2'09.144	1.163
13	22	Kazuki Mazaki	KTM	10	2'09.159	1.178
14	10	Dennis Foggia	KTM	9	2'09.162	1.181
15	12	Marco Bezzecchi	KTM	10	2'09.205	1.224
16	75	Albert Arenas	KTM	8	2'09.333	1.352
17	14	Tony Arbolino	Honda	6	2'09.494	1.513
18	48	Lorenzo Porta	Honda	10	2'09.524	1.543
19	8	Nicolo Bulega	KTM	8	2'09.591	1.610
20	40	Darryn Binder	KTM	10	2'09.709	1.728
21	27	Kaito Toba	Honda	11	2'09.807	1.826
22	7	Adam Norrodin	Honda	10	2'10.146	2.165
23	16	Andrea Migno	KTM	9	2'10.274	2.293
24	81	Stefano Nepa	KTM	10	2'10.408	2.427
25	77	Vicente Perez	KTM	13	2'10.439	2.458
26	15	Filip Salac	KTM	9	2'11.119	3.138