Jorge Navarro (Honda) deelde in de eerste helft van de zonnige training (22 graden) de lakens uit. De Spanjaard stond na zijn tweede omloop bovenaan met 1.57.498. Een ronde later ging hij als eerste onder de 1.57-grens door: 1.56.951.

Na het halfwegpunt nam Ono de toppositie over met 1.56.736. Daarmee was de Japanner bijna net zo snel als de scherpste chrono in de vrije trainingen: 1.56.651.

Die tijd was neergezet door Brad Binder (KTM). De kersverse wereldkampioen kende een moeilijk begin, met een expeditie door het grind. Hij hield daarbij zijn machine rechtop. Binder vond zichzelf halverwege terug op P22, voor Livio Loi (P23) en Bo Bendsneyder (P24).

Meer nieuws vanaf Motegi:

Bulega (KTM) klokte met nog dertien minuten te gaan 1.56.673. SKY Racing Team VR46-teamgenoot Migno legde beslag op een voorlopige derde plek. Binder klom naar de achtste plaats, Loi ging naar P10.

In de laatste minuut waren Enea Bastianini (Honda), Binder en Migno sneller dan Bulega's tijd. Ook Ono ging rapper rond. De Japanner noteerde 1.56.443 op de Twin Ring Motegi, een verbetering van het vorig jaar neergezette pole-record van Romano Fenati (KTM) (1.56.484).

Maar door de bestraffing van de wedstrijdleiding zal Ono zondag vanaf de vierde plaats moeten vertrekken. Het geeft de pole-position in handen van Migno, die nooit eerder helemaal vooraan mocht beginnen. Binder sluit zondag aan als tweede. Bastianini neemt de derde plek in.

Bulega eindigde in de kwalificatie als vijfde, voor Lorenzo della Porta (KTM), Niccolo Antonelli (Honda) en Fabio Quartararo (KTM).

Het lukte Loi (Honda) niet om zich net als in de vrije trainingen bij de beste tien te plaatsen. Hij werd vijftiende met zes tienden achterstand. Bendsneyder kwam niet verder dan P27, op 1.2 seconde van Ono.

Er waren valpartijen voor Quartararo, Stefano Valtulini (Mahindra), Darryn Binder (Mahindra) en Juanfran Guevara (KTM).

Uitslag Kwalificatie, GP Japan

	Rijder	Motor	Tijd	Verschil
1	Hiroki Ono	Honda	1'56.443
2	Andrea Migno	KTM	1'56.529	0.086
3	Brad Binder	KTM	1'56.659	0.216
4	Enea Bastianini	Honda	1'56.664	0.221
5	Nicolo Bulega	KTM	1'56.673	0.230
6	Lorenzo dalla Porta	KTM	1'56.682	0.239
7	Niccolò Antonelli	Honda	1'56.740	0.297
8	Fabio Quartararo	KTM	1'56.836	0.393
9	Adam Norrodin	Honda	1'56.873	0.430
10	Philipp Ottl	KTM	1'56.899	0.456
11	Jorge Navarro	Honda	1'56.951	0.508
12	Francesco Bagnaia	Mahindra	1'57.001	0.558
13	Albert Arenas	Peugeot	1'57.061	0.618
14	Joan Mir	KTM	1'57.062	0.619
15	Livio Loi	Honda	1'57.082	0.639
16	John McPhee	Peugeot	1'57.087	0.644
17	Aron Canet	Honda	1'57.153	0.710
18	Fabio Giannantonio	Honda	1'57.187	0.744
19	Gabriel Rodrigo	KTM	1'57.220	0.777
20	Juanfran Guevara	KTM	1'57.224	0.781
21	Jakub Kornfeil	Honda	1'57.236	0.793
22	Khairul Pawi	Honda	1'57.395	0.952
23	Jorge Martin	Mahindra	1'57.397	0.954
24	Jules Danilo	Honda	1'57.509	1.066
25	Tatsuki Suzuki	Mahindra	1'57.552	1.109
26	Marcos Ramirez	Mahindra	1'57.681	1.238
27	Bo Bendsneyder	KTM	1'57.722	1.279
28	Darryn Binder	Mahindra	1'57.844	1.401
29	Andrea Locatelli	KTM	1'58.506	2.063
30	Maria Herrera	KTM	1'59.243	2.800
31	Lorenzo Petrarca	Mahindra	1'59.369	2.926
32	Fabio Spiranelli	Mahindra	1'59.380	2.937
33	Stefano Valtulini	Mahindra	2'00.081	3.638
34	Shizuka Okazaki	Honda	2'02.753	6.310
35	Rei Sato	Honda	2'03.505	7.062