De natte sessie was nog maar net onderweg toen de baancommissarissen hun rode vlag tevoorschijn haalden. De KTM van Andrea Migno had in zijn eerste ronde olie verloren en de wedstrijdleiding wilde de baan gaan inspecteren. Onder andere bij bocht 5 van de Twin Ring Motegi was een glibberig spoor komen te liggen.

Alleen de Australische wildcardrijder Tom Toparis (KTM) had op dat moment een ronde volbracht en een tijd geklokt.

Tot frustratie van de rijders en teams in de paddock duurde het onderzoeken en met man en macht schoonmaken van het bevuilde asfalt erg lang. Om 10.30 uur lokale tijd, bijna twee uur na het startschot (8.40 uur), werd de warm-up hervat. De sessie was wel ingekort, van twintig naar tien minuten. De warm-up voor de Moto2- en MotoGP-klasse werd teruggebracht naar vijftien minuten.

In de regen klokte Romano Fenati (Honda) de beste tijd: 2.12.513. Philipp Oettl (KTM) werd tweede, voor Adam Norrodin (Honda). WK-leider Joan Mir (Honda) was zestiende. Bo Bendsneyder (KTM) en Livio Loi (Honda) eindigden daarachter op P19 en P22.

Nieuw tijdschema

Als gevolg van alle vertraging werden de aanvangstijden en lengte van de Moto3- en Moto2-race aangepast:

Moto3: 4.55 uur (11.55 uur lokale tijd), 13 ronden
Moto2: 6.00 uur (13.00 uur lokale tijd), 15 ronden

Bij de MotoGP veranderde niets. De race start zoals gepland om 7.00 uur (14.00 uur lokale tijd) en duurt 24 ronden.

Uitslag Warm-Up, Moto3:

	Rijder	Motor	Ronden	Tijd	Verschil
1	Romano Fenati	Honda	5	2'12.513
2	Philipp Oettl	KTM	6	2'12.616	0.103
3	Adam Norrodin	Honda	5	2'13.769	1.256
4	Jakub Kornfeil	Peugeot	6	2'13.944	1.431
5	Marcos Ramírez	KTM	5	2'14.041	1.528
6	Andrea Migno	KTM	5	2'14.277	1.764
7	John McPhee	Honda	4	2'14.290	1.777
8	Tatsuki Suzuki	Honda	5	2'14.305	1.792
9	Jorge Martin	Honda	6	2'14.346	1.833
10	Marco Bezzecchi	Mahindra	7	2'14.383	1.870
11	Niccolò Antonelli	KTM	5	2'14.398	1.885
12	Enea Bastianini	Honda	4	2'14.439	1.926
13	Fabio Giannantonio	Honda	5	2'14.490	1.977
14	Aron Canet	Honda	5	2'14.536	2.023
15	Jules Danilo	Honda	6	2'14.557	2.044
16	Gabriel Rodrigo	KTM	6	2'14.694	2.181
17	Joan Mir	Honda	4	2'14.786	2.273
18	Manuel Pagliani	Mahindra	6	2'14.935	2.422
19	Bo Bendsneyder	KTM	5	2'15.071	2.558
20	Ayumu Sasaki	Honda	4	2'15.287	2.774
21	Juanfran Guevara	KTM	4	2'15.311	2.798
22	Livio Loi	Honda	5	2'15.421	2.908
23	Darryn Binder	KTM	3	2'15.654	3.141
24	Nakarin Atiratphuvapat	Honda	4	2'15.821	3.308
25	Lorenzo Porta	Mahindra	7	2'15.921	3.408
26	Patrik Pulkkinen	Peugeot	6	2'16.076	3.563
27	Tony Arbolino	Honda	5	2'16.653	4.140
28	Kaito Toba	Honda	5	2'19.894	7.381
29	Tom Toparis	KTM	7	2'21.362	8.849
	Nicolo Bulega	KTM	0