Rodrigo, de nummer zes van de strijd om de titel, rondde het Tsjechische circuit in 2.08.115. Daarmee was hij ruim een seconde sneller dan de toptijd van de eerste dag. De baanomstandigheden waren een stuk beter, wat resulteerde in snelle tijden.

Thuisrijder Jakub Kornfeil kreeg zijn fans op de banken met een sterke tweede tijd, op zeven honderdsten van de snelste man. Fabio di Giannantonio volgde op gepaste afstand als derde, voor zijn landgenoot Lorenzo Porta en Albert Arenas. Marco Bezzecchi, de nummer twee uit het kampioenschap en bij afwezigheid van leider Jorge Martin de grote favoriet, eindigde in de achterhoede.

Uitslag derde vrije training Moto3 2018 Brno

Pos	#	Rijder	Motor	Ronden	Tijd	Verschil
1	19	Gabriel Rodrigo	KTM	10	2'08.115
2	84	Jakub Kornfeil	KTM	14	2'08.189	0.074
3	21	Fabio Di Giannantonio	Honda	10	2'08.504	0.389
4	48	Lorenzo Porta	Honda	15	2'08.565	0.450
5	75	Albert Arenas	KTM	11	2'08.570	0.455
6	8	Nicolo Bulega	KTM	12	2'08.590	0.475
7	44	Aron Canet	Honda	13	2'08.627	0.512
8	33	Enea Bastianini	Honda	12	2'08.669	0.554
9	71	Ayumu Sasaki	Honda	12	2'08.712	0.597
10	5	Jaume Masia	KTM	13	2'08.726	0.611
11	42	Marcos Ramírez	KTM	13	2'08.803	0.688
12	15	Filip Salac	KTM	14	2'08.857	0.742
13	23	Niccolò Antonelli	Honda	12	2'08.878	0.763
14	24	Tatsuki Suzuki	Honda	13	2'08.964	0.849
15	65	Philipp Ottl	KTM	13	2'08.988	0.873
16	7	Adam Norrodin	Honda	14	2'08.996	0.881
17	17	John McPhee	KTM	11	2'09.176	1.061
18	14	Tony Arbolino	Honda	13	2'09.211	1.096
19	72	Alonso Lopez	Honda	13	2'09.226	1.111
20	22	Kazuki Mazaki	KTM	13	2'09.279	1.164
21	41	Nakarin Atiratphuvapat	Honda	14	2'09.330	1.215
22	27	Kaito Toba	Honda	15	2'09.380	1.265
23	12	Marco Bezzecchi	KTM	14	2'09.407	1.292
24	40	Darryn Binder	KTM	13	2'09.523	1.408
25	10	Dennis Foggia	KTM	13	2'09.592	1.477
26	16	Andrea Migno	KTM	10	2'09.689	1.574
27	81	Stefano Nepa	KTM	12	2'10.051	1.936
28	77	Vicente Perez	KTM	14	2'10.165	2.050