Binder stond de gedurende de veertig minuten durende sessie (droog, 28 graden Celsius) geen moment bovenaan, maar ging er bij het eindsignaal toch met de eerste plek vandoor.

Jakub Kornfeil (Honda) maakte in de openingsfase de dienst uit op Sepang. Na tien minuten nam Francesco Bagnaia (Mahindra) het stokje over van de Tsjech dankzij 2.17.470. Jorge Navarro (Honda) antwoordde met 2.17.190, waarop Bagnaia de eerste 2.16-tijd vond: 2.16.461.

Halverwege wist Joan Mir (KTM) er een tiende onder te komen. De Spanjaard van Leopard Racing liet de chronometers stoppen bij 2.16.312. Lorenzo dalla Porta (KTM) toonde kort daarop de eerste 2.15-tijd, 2.15.834.

In de laatste tien minuten hernam Navarro de eerste positie met de beste tijd van het weekend: 2.14.950. Binder was op vrijdag - toen het ook droog was in de eerste training, maar nat in de tweede - het snelst met 2.15.520. Met nog twee minuten te gaan, ging de eerste plaats opnieuw naar Kornfeil, die zijn Honda naar 2.14.696 stuurde.

Binder, lang buiten de top-vijf, haalde daar in zijn vijftiende en laatste omloop 0.006 vanaf.

Achter Kornfeil eindigde TT-winnaar Bagnaia als derde, op 0.096 van Binder. Fabio Quartararo (KTM), Mir en Navarro volgden. 

Bo Bendsneyder (KTM) deed in de eerste helft goed mee in de top-tien en meldde zich daar ook weer in de slotfase. De Nederlander viel er uiteindelijk net buiten met een elfde plaats, op acht tienden van teamgenoot Binder.

Livio Loi (Honda) was lange tijd onzichtbaar. De Belg zakte af tot de 28e positie, maar vond in de slotfase weer wat snelheid. De coureur van RW Racing GP werd op 1.1 seconde achterstand vijftiende in de rangschikking.

Navarro, Aron Canet (Honda), Fabio Spiranelli (Mahindra), Lorenzo Petrarca (Mahindra) en Gabriel Rodrigo (KTM) gingen een keer onderuit, maar bleven ongedeerd. Voor Rodrigo was het zijn tweede crash van het weekend, na een val in de eerste vrije training.

Behalve Khairul Idham Pawi (Honda) was iedereen sneller dan zijn of haar vrijdagtijd. Daarmee is de uitslag van de derde vrije training nagenoeg gelijk aan de gecombineerde tijdenlijst na drie oefensessies.