Op de Twin Ring Motegi ontstond al snel een snel een kopgroep van vijf man. Pole-positionhouder Andrea Migno (KTM) wist de koppositie bij de start vast te houden, maar zag later in de openingsronde wereldkampioen Brad Binder (KTM) voorbij komen. Enea Bastianini (Honda), Hiroki Ono (Honda) en Francesco Bagnaia (Mahindra) sloten aan achter het duo.

De jarige Nicolo Bulega (17) kende een slechte start vanaf de vijfde vertrekplek, maar vond in de zesde ronde de aansluiting bij het leidende vijftal. 

De zes piloten vooraan bleven lang bij elkaar. Binder was daarbij continu de gangmaker, maar achter de Zuid-Afrikaan werd veelvuldig van positie gewisseld.

Bastianini klopt Binder

Binder wist zich met nog zes ronden te gaan los te maken van zijn belagers. Gelijktijdig viel Bagnaia terug naar de tweede groep. De TT-winnaar werd daar ingehaald door Philipp Oettl (KTM) en Fabio di Giannantonio (Honda).

In de slotfase zette Bastianini aan. De Italiaan dichtte het gat naar Binder en zat de KTM-rijder dicht op de huid in de laatste ronde. Hij passeerde de kersverse wereldkampioen een paar bochten voor het einde en hield daarna het gat dicht. Het verschil aan de streep bedroeg slechts 0.017.

Het betekende de eerste zege voor Bastianini dit seizoen en de tweede in zijn Grand Prix-loopbaan. Vorig jaar won hij de race in San Marino.

Ono verliest derde plaats, Loi zevende

Twee tellen later kwam Ono als derde binnen. De thuisrijder, die in de kwalificatie het snelst was maar wegens onverantwoord rijden op vrijdag was teruggezet naar de vierde startplaats, klopte in de finale SKY Racing Team VR46-rijders Bulega en Migno. Bulega kwam aan als vierde. Migno crashte in de laatste ronde en finishte op P25.

Maar na de race was er opnieuw slecht nieuws voor Ono. Omdat zijn motor niet voldeed aan het reglement (te licht), werd hij gediskwalificeerd. Oettl, Di Giannantonio en Bagnaia arriveerden als vijfde, zesde en zevende, maar schoven zo een plek op.

Loi (Honda) reed een sterke race vanaf de vijftiende startplaats. De Belg meldde zich halverwege in de top-tien en finishte als achtste. Met de diskwalificatie van Ono kreeg de rijder van RW Racing GP nog een plek cadeau: zevende.

Voor Bendsneyder was de uitslag een teleurstelling. De Nederlander moest beginnen vanaf P27 en maakte een valse start. Een doorrijstraf wierp hem terug naar de 25e plaats. Bendsneyder wist met competitieve rondetijden nog wel een aantal plaatsen te veroveren, maar op een achttiende plek bleef hij met lege handen.

Navarro crasht in eerste bocht

WK-tweede Jorge Navarro (Honda) lag al vroeg uit de race. De Spanjaard, vertrokken vanaf de elfde plaats, verloor na de start in bocht 1 de controle over de motor. Navarro gleed in het grind en kegelde onderweg Gabriel Rodrigo (KTM) en John McPhee (Peugeot) onderuit.

Er waren ook valpartijen voor Stefano Valtulini (Mahindra), Darryn Binder (Mahindra), Aron Canet (Honda), Juanfran Guevara (KTM) en de eveneens jarige (20) Andrea Locatelli (KTM). Canet ging in de vijfde ronde onderuit, maar stapte weer op zijn motor. In de elfde ronde viel de Honda-rijder opnieuw en was de koers voor hem definitief voorbij. Jorge Martin (Mahindra) gaf op in de pits.

Pos	Rijder	Motor	Verschil
1	Enea Bastianini	Honda
2	Brad Binder	KTM	0.017
3	Hiroki Ono	Honda	2.654
4	Nicolo Bulega	KTM	4.002
5	Philipp Ottl	KTM	5.119
6	Fabio Giannantonio	Honda	6.288
7	Francesco Bagnaia	Mahindra	7.739
8	Livio Loi	Honda	7.749
9	Fabio Quartararo	KTM	8.344
10	Joan Mir	KTM	8.880
11	Niccolò Antonelli	Honda	9.037
12	Lorenzo dalla Porta	KTM	12.332
13	Adam Norrodin	Honda	13.525
14	Jakub Kornfeil	Honda	18.818
15	Albert Arenas	Peugeot	21.263
16	Tatsuki Suzuki	Mahindra	21.291
17	Jules Danilo	Honda	21.727
18	Marcos Ramirez	Mahindra	34.475
19	Bo Bendsneyder	KTM	39.950
20	Khairul Pawi	Honda	40.177
21	Fabio Spiranelli	Mahindra	46.804
22	Lorenzo Petrarca	Mahindra	49.085
23	Darryn Binder	Mahindra	52.570
24	Maria Herrera	KTM	52.682
25	Andrea Migno	KTM	1'16.774
26	Juanfran Guevara	KTM	1'22.102
27	Shizuka Okazaki	Honda	1'51.623
	Jorge Martin	Mahindra	Uitgevallen
	Aron Canet	Honda	Crash
	Andrea Locatelli	KTM	Crash
	Stefano Valtulini	Mahindra	Crash
	Jorge Navarro	Honda	Crash
	John McPhee	Peugeot	Crash
	Gabriel Rodrigo	KTM	Crash

WK-stand

In de WK-stand staat kampioen Binder met nog drie races te gaan op 269 punten. Bastianini (164) heeft de tweede plaats overgenomen van Navarro (143). Bulega (126) staat vierde, vlak voor Joan Mir (KTM), Di Giannantonio en Bagnaia. Bendsneyder volgt op de zeventiende plaats met 53 punten. Loi (43) is 22e.

De volgende race is de Grand Prix van Australië (Phillip Island) op zondag 23 oktober.