Mugello-winnaar Pasini (Kalex), die na de Duitse Grand Prix zijn tweede plek van de Catalaanse Grand Prix moest inleveren wegens het gebruik van illegale olie, was in de openingsfase van de tweede training op Brno het snelst met 2.03.670.

WK-leider Franco Morbidelli (Kalex) en Thomas Luthi (Kalex) voerden daarop enige tijd de tussenstand aan, tot Pasini met nog ruim een kwartier te gaan terugsloeg met 2.03.641. Hij scherpte de beste tijd aan tot 2.03.304. Francesco Bagnaia (Kalex) pareerde vier minuten voor het einde met 2.03.237, maar het laatste woord was voor Pasini die in zijn zeventiende omloop 2.02.975 vond.

Bagnaia eindigde als tweede, voor Xavi Vierge (Tech 3) en Miguel Oliveira (KTM), de lijstaanvoerder in de natte eerste training. Achter Sandro Cortese (Suter) moest Morbidelli het doen met de zesde plek. Teamgenoot Alex Marquez werd dertiende. Voor de Belg Xavier Simeon (Kalex) zat er niet meer in dan P24.

Uitslag Vrije Training 2:

	Rijder	Motor	Ronden	Tijd	Verschil
1	Mattia Pasini	Kalex	18	2'02.975
2	Francesco Bagnaia	Kalex	19	2'03.237	0.262
3	Xavi Vierge	Tech 3	14	2'03.294	0.319
4	Miguel Oliveira	KTM	16	2'03.421	0.446
5	Sandro Cortese	Suter	15	2'03.430	0.455
6	Franco Morbidelli	Kalex	20	2'03.463	0.488
7	Luca Marini	Kalex	15	2'03.630	0.655
8	Jorge Navarro	Kalex	19	2'03.760	0.785
9	Dominique Aegerter	Suter	19	2'03.763	0.788
10	Thomas Luthi	Kalex	15	2'03.791	0.816
11	Isaac Viñales	Kalex	17	2'03.817	0.842
12	Simone Corsi	Speed Up	18	2'03.829	0.854
13	Alex Marquez	Kalex	18	2'03.832	0.857
14	Fabio Quartararo	Kalex	20	2'03.910	0.935
15	Hafizh Syahrin	Kalex	19	2'03.985	1.010
16	Tetsuta Nagashima	Kalex	19	2'04.112	1.137
17	Takaaki Nakagami	Kalex	15	2'04.259	1.284
18	Khairul Pawi	Kalex	16	2'04.294	1.319
19	Brad Binder	KTM	18	2'04.502	1.527
20	Andrea Locatelli	Kalex	19	2'04.529	1.554
21	Augusto Fernandez	Speed Up	17	2'04.604	1.629
22	Lorenzo Baldassarri	Kalex	15	2'04.765	1.790
23	Remy Gardner	Tech 3	14	2'04.797	1.822
24	Xavier Simeon	Kalex	16	2'04.903	1.928
25	Iker Lecuona	Kalex	16	2'05.000	2.025
26	Marcel Schrötter	Suter	17	2'05.079	2.104
27	Jesko Raffin	Kalex	18	2'05.100	2.125
28	Stefano Manzi	Kalex	18	2'05.235	2.260
29	Axel Pons	Kalex	16	2'05.294	2.319
30	Edgar Pons	Kalex	18	2'05.318	2.343
31	Tarran Mackenzie	Suter	16	2'06.028	3.053
32	Joe Roberts	Kalex	16	2'06.122	3.147
33	Karel Hanika	Kalex	16	2'06.415	3.440