Luthi (Kalex) deed vanaf het startschot van de natte tweede training bovenaan mee. Hij nam met 2.05.883 in zijn vierde ronde de eerste plek in. Hij verstevigde zijn positie door twee ronden later 2.05.282 te noteren. Die chrono was bijna twee tienden scherper dan Alex Marquez' (Kalex) toptijd in de eveneens vochtige eerste oefensessie (2.05.460).

Luthi's tijd werd daarna niet meer verbeterd. De Zwitser schakelde zichzelf uit voor een aanval in de slotfase door met nog ruim tien minuten voor de boeg onderuit te gaan in de derde bocht van de Twin Ring. Onder het vuil wist Luthi zijn weg te vervolgen en de pits te bereiken, waar hij het voor gezien hield.

Marquez wist net niet onder zijn chrono uit de eerste training te komen. Met 2.05.478 werd hij tweede. Miguel Oliveira (KTM) eindigde op drie tienden van de Spanjaard op P3. Kampioenschapsleider Morbidelli (Kalex) stond tegen het einde op 1.6 seconde achterstand van Luthi. Hij wist er nog zeven tienden af te knabbelen en belandde op de vierde plek. 

Ondanks een crash (in de elfde bocht) wist Xavier Simeon (Kalex) een verdienstelijke vijfde plek uit het vuur te slepen. Hij liet onder meer regenspecialist Hafizh Syahrin (Kalex), Sandro Cortese (Suter) en Dominique Aegerter (Suter) achter zich.

Er waren ook crashes voor Remy Gardner (Tech 3), Andrea Locatelli (Kalex), Luca Marini (Kalex), Augusto Fernandez (Speed Up), Jorge Navarro (Kalex) en Iker Lecuona (Kalex). Locatelli en Fernandez waren ook in de eerste training een keer gevallen.

	Rijder	Motor	Ronden	Tijd	Verschil
1	Thomas Luthi	Kalex	8	2'05.282
2	Alex Marquez	Kalex	18	2'05.478	0.196
3	Miguel Oliveira	KTM	18	2'05.807	0.525
4	Franco Morbidelli	Kalex	16	2'06.220	0.938
5	Xavier Simeon	Kalex	19	2'06.228	0.946
6	Hafizh Syahrin	Kalex	17	2'06.629	1.347
7	Sandro Cortese	Suter	18	2'06.641	1.359
8	Dominique Aegerter	Suter	21	2'06.873	1.591
9	Tetsuta Nagashima	Kalex	17	2'06.946	1.664
10	Luca Marini	Kalex	17	2'07.035	1.753
11	Francesco Bagnaia	Kalex	16	2'07.222	1.940
12	Xavi Vierge	Tech 3	15	2'07.278	1.996
13	Takaaki Nakagami	Kalex	17	2'07.312	2.030
14	Lorenzo Baldassarri	Kalex	21	2'07.313	2.031
15	Isaac Viñales	Kalex	16	2'07.487	2.205
16	Jorge Navarro	Kalex	12	2'07.721	2.439
17	Remy Gardner	Tech 3	18	2'07.724	2.442
18	Simone Corsi	Speed Up	16	2'07.740	2.458
19	Mattia Pasini	Kalex	15	2'07.783	2.501
20	Brad Binder	KTM	17	2'07.906	2.624
21	Augusto Fernandez	Speed Up	13	2'07.953	2.671
22	Iker Lecuona	Kalex	15	2'08.001	2.719
23	Jesko Raffin	Kalex	17	2'08.002	2.720
24	Khairul Pawi	Kalex	18	2'08.107	2.825
25	Stefano Manzi	Kalex	14	2'08.227	2.945
26	Ikuhiro Enokido	Kalex	18	2'08.335	3.053
27	Tarran Mackenzie	Suter	16	2'08.366	3.084
28	Fabio Quartararo	Kalex	19	2'08.646	3.364
29	Marcel Schrötter	Suter	16	2'09.233	3.951
30	Ryo Mizuno	Kalex	2	2'09.438	4.156
31	Axel Pons	Kalex	9	2'09.902	4.620
32	Edgar Pons	Kalex	15	2'10.002	4.720
33	Andrea Locatelli	Kalex	9	2'10.898	5.616