Pasini, die op 13 augustus zijn 32e verjaardag viert, noteerde de pole-tijd al vroeg in de sessie. In zijn derde ronde kwam de Italiaan met de Kalex van het Italtrans Racing Team tot 2.02.611. WK-leider Franco Morbidelli (Kalex) was in die fase niet ver weg met 2.02.661.

Helemaal op het einde wist Oliveira zich met zijn KTM nog tussen beide piloten te wurmen. De Portugees bleef op 0.032 steken van Pasini.

Pasini - zesde in de WK-stand - is bezig aan een opmerkelijk seizoen. Hij won zijn thuisrace op Mugello, zijn eerste zege sinds 2009 (250cc). Daarop werd hij tweede in de Catalaanse ronde, maar die plek moest hij voor de zomerstop weer inleveren omdat het team in Barcelona illegale olie had gebruikt. Zijn pole op Brno is Pasini's eerste sinds 2007, toen hij in de 125cc vooraan mocht starten bij de Australische ronde op Phillip Island.

Op de tweede startrij staan zondag Francesco Bagnaia (Kalex), Jorge Navarro (Kalex) en Alex Marquez (Kalex). Luca Marini (Kalex), Sandro Cortese (Suter) en Simone Corsi (Speed Up) nemen bezit van de derde lijn. Moto3-titelhouder Brad Binder (KTM) was de laatste man binnen de top-tien. WK-tweede Thomas Luthi (Kalex) moest genoegen nemen met P12.

De Belg Xavier Simeon (Kalex) kwam op de 25e positie terecht. RW Racing GP-coureur Axel Pons (Kalex) werd veertiende.

Er waren valpartijen voor Cortese, Dominique Aegerter (Suter) - die een tik kreeg van Simone Corsi (Speed Up) -, Tetsuta Nagashima (Kalex), Augusto Fernandez (Speed Up), Karel Hanika (Kalex), Remy Gardner (Tech 3) en Lorenzo Baldassarri (Kalex).

Uitslag Kwalificatie:

	Rijder	Motor	Ronden	Tijd	Verschil
1	Mattia Pasini	Kalex	16	2'02.611
2	Miguel Oliveira	KTM	16	2'02.643	0.032
3	Franco Morbidelli	Kalex	16	2'02.661	0.050
4	Francesco Bagnaia	Kalex	16	2'02.686	0.075
5	Jorge Navarro	Kalex	16	2'02.742	0.131
6	Alex Marquez	Kalex	16	2'02.965	0.354
7	Luca Marini	Kalex	16	2'02.990	0.379
8	Sandro Cortese	Suter	9	2'03.048	0.437
9	Simone Corsi	Speed Up	15	2'03.052	0.441
10	Brad Binder	KTM	16	2'03.062	0.451
11	Fabio Quartararo	Kalex	16	2'03.148	0.537
12	Thomas Luthi	Kalex	14	2'03.214	0.603
13	Khairul Pawi	Kalex	17	2'03.242	0.631
14	Axel Pons	Kalex	17	2'03.316	0.705
15	Takaaki Nakagami	Kalex	15	2'03.491	0.880
16	Hafizh Syahrin	Kalex	16	2'03.604	0.993
17	Isaac Viñales	Kalex	14	2'03.612	1.001
18	Xavi Vierge	Tech 3	13	2'03.632	1.021
19	Lorenzo Baldassarri	Kalex	14	2'03.739	1.128
20	Andrea Locatelli	Kalex	16	2'03.746	1.135
21	Dominique Aegerter	Suter	7	2'03.788	1.177
22	Iker Lecuona	Kalex	15	2'03.804	1.193
23	Tetsuta Nagashima	Kalex	10	2'03.899	1.288
24	Stefano Manzi	Kalex	15	2'04.117	1.506
25	Xavier Simeon	Kalex	15	2'04.267	1.656
26	Remy Gardner	Tech 3	11	2'04.294	1.683
27	Augusto Fernandez	Speed Up	15	2'04.366	1.755
28	Tarran Mackenzie	Suter	14	2'04.417	1.806
29	Jesko Raffin	Kalex	16	2'04.424	1.813
30	Edgar Pons	Kalex	17	2'04.645	2.034
31	Joe Roberts	Kalex	16	2'04.774	2.163
32	Karel Hanika	Kalex	16	2'04.862	2.251