Kampioenschapsleider Pagenaud was al snel tijdens de tests en bevestigde tijdens de kwalificatie met zijn Penske-Chevrolet. Op het ovaal van 0,894 mijl zette hij over twee ronden een gemiddelde snelheid neer van 185.855 mijl per uur, waar niemand aan kon tippen. Dat was goed voor de 500ste pole van Roger Penske over alle kampioenschappen heen, een uniek record.

Pagenauds dichtste achtervolger was Josef Newgarden van Ed Carpenter Racing, die 0,2 mijl of 0,04 seconde te kort kwam op de Fransman. Helio Castroneves was derde voor Penske, voor rookie Max Chilton, die zijn beste resultaat neerzette met Chip Ganassi Racing. Zijn ploegmaats Charlie Kimball en Tony Kanaan palmden de derde rij in, voor Ed Carpenter en Will Power op rij vier.

Rus Mikhail Aleshin was pas de eerste Honda en de enige in de top-tien. De man van SPM start als negende voor kampioen Scott Dixon in de Ganassi-Chevy, die met onderstuur had af te rekenen tijdens zijn run. Vooral Andretti Autosport werd helemaal weggereden en start op de plaatsen 15, 17, 19 en 20.

IndyCar 2016 - Iowa - Kwalificatie

	Nr	Rijder	Team	Tijd/Verschil
1	22	Simon Pagenaud	Penske (C)	34.6334
2	21	Josef Newgarden	Carpenter (C)	0.0404
3	3	Helio Castroneves	Penske (C)	0.0788
4	8	Max Chilton	Ganassi (C)	0.0814
5	83	Charlie Kimball	Ganassi (C)	0.2565
6	10	Tony Kanaan	Ganassi (C)	0.2677
7	20	Ed Carpenter	Carpenter (C)	0.2848
8	12	Will Power	Penske (C)	0.3522
9	7	Mikhail Aleshin	Schmidt (H)	0.5877
10	9	Scott Dixon	Ganassi (C)	0.6083
11	2	Juan Pablo Montoya	Penske (C)	0.6096
12	15	Graham Rahal	Rahal (H)	0.6846
13	14	Takuma Sato	Foyt (H)	0.7435
14	41	Jack Hawksworth	Foyt (H)	0.7921
15	26	Carlos Muñoz	Andretti (H)	0.9159
16	11	Sébastien Bourdais	KVSH (C)	0.9437
17	98	Alexander Rossi	Andretti-Herta (H)	0.9448
18	19	Gabby Chaves	Coyne (H)	1.0493
19	27	Marco Andretti	Andretti (H)	1.0699
20	28	Ryan Hunter-Reay	Andretti (H)	1.1458
21	18	Conor Daly	Coyne (H)	1.3977
22	5	James Hinchcliffe	Schmidt (H)	2.1426

 (C) = Chevrolet, (H) = Honda